Kiedy w końcu lek na reploidy się znalazł, nagle niegdyś spokojne roboty zmieniają się ponownie w okrutne Mavericki. Gracz pokieruje X lub Zero i stanie się łowcą Mavericków.
Mega Man X3 to finalny rozdział serii przeznaczonej na Super Nintendo. Zagraj jako Mega Man X lub po raz pierwszy jako Zero, który ma jeszcze więcej mocarnej broni. Do klasycznej rozgrywki dodano opcję zbierania i ulepszania swojej zbroi poprzez Enhancement Chips. Ale czy masz odpowiednie umiejętności, by znów zdławić rebelię?