Minęło pięć lat od wydarzeń z 1999 roku „The Silver Case”, rozgrywającej się w nowym 25-tym Okręgu, który powstał w zatoce Kanto. W pokoju kompleksu apartamentowego „Bayside Tower Land” zostaje znaleziona zamordowana w tajemniczych okolicznościach kobieta. To rozpoczyna serię pozornie przypadkowych wydarzeń, łączących wielu bohaterów, w tym Tokio Morishima z The Silver Case. Po zebraniu wszystkich punktów widzenia wyłania się naprawdę szokujący wzór…
DO KOSZYKA