Przypadkowe spotkanie podczas uroczystości Targów Tysiąclecia Guardii na placu Leene wprowadza naszego młodego bohatera, Crono, do dziewczyny o imieniu Marle. Decydując się wspólnie zwiedzić targi, obaj wkrótce znajdują się na wystawie Telepod, najnowszego wynalazku wieloletniej przyjaciółki Crono, Lucki. Marle, nieustraszona i pełna ciekawości, zgłosi się na ochotnika, aby pomóc w demonstracji. Niespodziewana awaria powoduje jednak, że pędzi przez szczelinę w wymiarach. Chwytając wisiorek dziewczynki, Crono dzielnie podąża za nim. Ale świat, w którym się pojawia, jest światem sprzed czterech wieków. Podróż do zapomnianej przeszłości, odległej przyszłości, a nawet do samego końca czasów. Epicka misja ratowania przyszłości planety ponownie tworzy historię.